根据《合同能源管理财政奖励资金管理暂行办法》，只有收益分享型合同能源管理由国家重点扶持，获得相关政府补助，也是比较常见的合同能源管理模式。所以下面以收益分享型合同能源管理为例分析合同能源管理中的涉税问题。
从2016年5月1起全面实施营改增后，合同能源管理项目的实施过程中EMCo可能涉及到的税种有增值税、所得税、城市维护建设税、教育费附加、印花税等，其中最主要的税种为增值税和所得税。下面结合国家出台的针对合同能源管理相关的增值税和所得税政策分析 eMCo的涉税问题及风险。
1、增值税
（1）建设期和效益分享期所涉及的增值税问题
eMCo在满足享受税收优惠政策的相关条件下，节能服务公司实施符合条件的合同能源管理项目，将项目中的增值税应税货物转让给用能企业，暂免征收增值税。此外，节能服务公司在开展合同能源相关的管理项目的时候，针对无偿转让于相关用能单位的，由于履行合同能源管理相关项目所形成的资产，是需要免征增值税的。针对增值税免税政策EMCo可以自由选择享受免税优惠还是放弃。如果EMCo选择放弃增值税免税优惠，则按6%的税率缴纳增值税，并且在未来36个月内不得变更。因为EMCo一旦选择享受免税优惠，购买节能装置等时产生的进项税不能抵扣，EMCo享受免税的税金大于其因放弃免税而缴纳的增值税时才对其有利。因此EMCo在选择享受免收优惠还是放弃免税时应提前做好相关分析和测算工作，而不能盲目的选择免税。
例如，某EMCoA与用能单位B于2014年1月1日签订一份投资额为1亿元的效益分享型合同能源管理项目合同。合同规定，A负责购买节能设备，并提供安装调试、后期运营维护等服务，设备价款7500万，运费300万，安装费200万，合计8000万元，于2016年1月1日达到预定可使用状态，开始投入使用，在效益分享期2016年1月1日至2026年1月1日10年间A公司从B公司节能效益中分享80%的份额，合同期届满时设备所有权归B公司。假设：以上金额均为不含税金额；B公司在合同期每年产生1500万的节能效益，A公司每年发生节能设备的运营维护费100万。
购买设备时产生进项税为1330（750017%+30011%+20011%），效益分享期内每年发生销项税72万（150080%6%）和进项税11万（10011%），十年间公发生销项税720万，进项税1440万。
只对该项合同能源管理项目来讲，如果A公司选择增值税免税优惠政策，则合同期内A免增值税720万，与购买安装设备相关和设备运维费相关的进项税1440万不得税前抵扣；如果选择放弃免税政策，由于A公司进项税大于销项税，合同期间不用缴纳增值税的同时以后会计年度还可以继续抵扣进项税720万。所以对该项合同能源管理项目来讲，A公司应该选择缴纳增值税，而非选择免收优惠。
合同能源管理增值税率为6%，而购买设备以及从他方接受与合同能源管理项目时涉及的进项税率为17%、11%或6%等不同税率，针对合同能源管理项目的免增值税优惠政策，EMCo应结合自身业务性质科学测算所业务所需发生的进项税和销项税，从而综合考虑是否选择免税优惠。
（2）合同期满移交资产时所涉及的增值税问题
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条分八款分别对八种不同的视同销售货物行为作了明确的规定。EMCo在合同届满时将节能装置无偿移交给用能单位时按此规定，按实物捐赠视同销售货物行为缴纳增值税。
2、所得税
（1）购建节能装置时所涉及的所得税问题
财税[2008]48号和国税函[2010]256号相关规定，企业购买并使用《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》、《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》规定的环境保护、节能节水和安全生产专用设备，可以按专用设备投资额的10%抵免当年企业所得税应纳税额；企业当年应纳税额不足抵免的，可以向以后年度结转，但结转期不得超过5个纳税年度。根据此规定，EMCo所购建的节能装置符合条件的能按固定资产初始成本的10%抵免当年的所得税，并且当年应纳税所得额不足抵免的，在以后5个纳税年度继续抵扣。为此，EMCo在购建节能装置时尽量购买《目录》范围内的设备，进而享受抵免税款的优惠。
（2）与客户分享节能效益时所涉及的所得税问题
根据国家税务总局国家发展改革委公告2013年第77号，规定合同能源管理项目符合相关条件的情况下，效益分享期内的前三年免企业所得税，后三年按12.5%的税率加纳增值税，从第7年开始正常按25%的税率缴纳所得税。
（3）收到的政府补助时所涉及的所得税问题
财税[2011]70号有明文规定，凡同时符合以下三个条件的，可以作为不征税收入在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件；财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。
财建[2010]249号文第五条规定，财政奖励资金用于支持采用合同能源管理方式实施的工业、建筑、交通等领域以及公共机构节能改造项目。
对于收到的政府补助企业是否作为不征收收入，税务局实际征管的时候并无特殊要求，充分给予企业自主权。对于政府补助确认为不征税收入还是征税收入，要根据收到政府补助是否在所得税免税期内，分别考虑。
因为即使不符合不征税收入的条件，但由于该政府补助与EMCo所实施的合同能源管理项目相关联，所以不应缴纳企业所得税，所以EMCo在免税期内取得政府补助则确认为征税收入还是不征税收入对起没有影响。如果在免税期后取得政府补助，EMCo将收到的政府补助确认为不征税收入时用该收入产生的费用支出和与该收入相关的节能装置折旧费不能税前扣除，所以EMCo要综合考虑后再确认为不征税收入或征税收入。
例如，EMCo在减免税后某年取得政府补助1000万，用于开展研发活动，由于该项政府补助属于与资产相关的政府补助，EMCo会计上按10年确认，每年确认100万。
根据财建[2010]249号文第五条和会计准则16号，EMCo取得的政府补助，应属于与资产相关的政府补助，不能直接确认为当期损益，应当确认为递延收益，应自相关资产达到预定可使用状态时起，在该资产使用寿命内平均分配，分次计入以后各期的损益。会计处理如下：
收到政府补助时：借：银行存款1000
贷：递延收益1000
每年确认收入时：借：递延收益100
贷：营业外收入100
如果EMCo选择确认为不征收收入，在确认收入的十年间要调减收入合计1000万，同时调增这1000万所形成的支出。如果选择确认为征税收入，则收到政府补助的当年调增收入900万，以后九年内每年调减收入100万，最后调减收入合计900万，十年间这1000万所形成的支出不用调整应纳税额，正常在税前扣除。从而可看出，EMCo在减免税期间取得政府补助时确认为征税收入还是不征税收入不会影响所缴纳的所得税金额，只是缴纳税款的时间不同而已。但是获得的政府补助时用于研发活动，发生的研发费用可以享受税前加计扣除50%的优惠政策，所以EMCo应该选择确认为征税收入。
（4）对于合同期满资产移交时所涉及的所得税问题
根据《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函[2008]828号）第二条规定：企业将资产移送他人的下列情形，因资产所有权属已发生改变而不属于内部处置资产，应按规定视同销售确定收入。用于市场推广或销售；用于交际应酬；用于职工奖励或福利；用于股息分配；用于对外捐赠；其他改变资产所有权属的用途。国税函[2008]828号将对外捐赠视同销售处理，对于自制的资产，收入按照公允价处理，对于外购的，视同销售收入按购买价处理缴纳所得税。因此EMCo在合同期满时向用能单位无偿移交节能装置时不仅缴纳增值税还要缴纳所得税。
